Brasil sufre un ‘apagón’ de vigilancia genética que dificulta la detección de nuevas cepas del coronavirus

Mientras el mundo está preocupado por el impacto de las nuevas cepas del coronavirus, potencialmente más contagiosas, Brasil no sabe qué variantes del virus circulan en su territorio. El país hace pocos tests, y es capaz de secuenciar genéticamente y analizar un volumen muy pequeño de estas pruebas. Esto es un reflejo de la poca inversión que se ha hecho históricamente en ciencia. Que se produzcan mutaciones es algo común y la mayoría no generan mucha preocupación. Pero la denominada vigilancia genómica es importante, y todavía más durante una pandemia. Es lo que indica, por ejemplo, si hay cepas más contagiosas o letales y si pueden escapar de la protección que brindan las vacunas. También señala si es necesario mejorar las pruebas para que sigan siendo capaces de confirmar los contagios.

La semana pasada, Japón identificó una nueva cepa del virus en viajeros procedentes del Estado de Amazonas, donde la situación es cada vez más grave: con el avance de la covid-19, la ciudad de Manaos sufre una crisis de suministro de oxígeno a los hospitales. La identificación de la variante brasileña del coronavirus ejemplifica la dificultad que tiene el país para controlar las mutaciones. Brasil realiza cien veces menos secuenciaciones genómicas, los análisis de la composición de genomas completos del virus, que el Reino Unido, una referencia mundial en este ámbito. A finales del año pasado, los científicos británicos detectaron rápidamente una variante potencialmente más contagiosa. De momento, los científicos todavía no pueden señalar hasta qué punto la nueva variante del coronavirus que se ha detectado en Manaos es responsable del segundo colapso del sistema sanitario del Estado de Amazonas, aunque hay grandes posibilidades de que esta haya influido.

Cuando Japón emitió la alerta el pasado 10 de enero sobre la variante de Manaos, el grupo de investigadores de la fundación pública Oswaldo Cruz (Fiocruz), que trabaja en Amazonas haciendo vigilancia genómica, acababa de completar la secuenciación de algunas muestras de noviembre. Desde marzo de 2020, el grupo trabaja simultáneamente en la secuenciación genómica y el diagnóstico por medio de análisis clínicos. La primera gran ola de la enfermedad sobrecargó a los investigadores, que se pasaron tres meses sin poder avanzar en la vigilancia. Solo cuando disminuyeron los casos el grupo pudo reanudar sus actividades y volver a analizar muestras procedentes de prácticamente todos los municipios. Con la alerta japonesa, estos investigadores han comparado las muestras de ese país con la secuenciación de noviembre y han confirmado que el origen de ese linaje —potencialmente más contagioso— era el mismo que el de Amazonas.

“Eso fue sorprendente. Como teníamos la secuenciación hasta noviembre, vimos que se había originado en el mismo grupo, pero con muchas mutaciones en un corto período de tiempo”, dice Felipe Naveca, investigador y vicedirector de Investigación e Innovación del Instituto Leônidas & Maria Deane (ILMD/Fiocruz Amazonia). Ahora, el grupo está trabajando en la secuenciación del virus en muestras tomadas en pacientes que se contagiaron en diciembre para comprobar si, a finales del año pasado, ya estaba en circulación esta variante, que tiene mutaciones similares a las de Sudáfrica y el Reino Unido, y otras de las que desconocemos todavía su impacto.

Otros estudios han descrito las mutaciones que se han encontrado en estos países y hasta ahora se ha señalado su mayor poder de contagio en relación con el coronavirus identificado en Wuhan (China) en diciembre de 2019, pero el cuadro clínico de los pacientes no parece ser más grave, señala Naveca. El Gobierno de Reino Unido, sin embargo, ha dicho este viernes que hay señales de que la nueva variante puede ser más letal.

“Probablemente esta nueva variante ha adquirido mutaciones que podrían estar asociadas con un contagio más rápido, que escapa a los anticuerpos, pero también con otro conjunto de mutaciones que aún no sabemos exactamente qué hacen”, explica el científico Nuno Faria, del Centro Brasil-Reino Unido para el Descubrimiento, Diagnóstico, Genómica y Epidemiología de Arbovirus (Cadde, por sus siglas en inglés), que ha estado trabajando con investigadores de Fiocruz. Los científicos siguen estudiando si la nueva variante es más contagiosa y si puede escapar a la respuesta inmune de quienes ya han tenido covid-19. Fiocruz detectó el pasado miércoles el primer caso de reinfección por la nueva variante del coronavirus del Estado de Amazonas.

También se estudian otros factores que pueden explicar el empeoramiento de la pandemia en este momento, como el contagio durante las vacaciones y la estacionalidad de enfermedades causadas por virus respiratorios. Entre noviembre y abril, época de lluvias, históricamente se produce un aumento de las infecciones virales en el Estado. “Desde noviembre, estamos viendo un aumento que ya empieza a asustar. Han coincidido las fiestas de fin de año y las protestas para reabrir el comercio con la circulación de una variante más contagiosa”, explica Naveca.

‘Apagón’ en la secuenciación genómica

La variante preocupa a la comunidad científica brasileña, sobre todo por el contexto del país, que nunca ha sido capaz de aplicar políticas eficaces para controlar el contagio y, con el empeoramiento de la pandemia, sufre una gran presión hospitalaria.

El caso del Estado de Amazonas es un ejemplo de una especie de apagón de datos genómicos del coronavirus en Brasil. Durante la pandemia, el país ha llegado a fortalecer las redes que trabajan con la secuenciación genética. Hay varios grupos que trabajan en este sentido, vinculados a los ministerios de Sanidad y de Ciencia y Tecnología, algunos en colaboración con el Cadde. Aun así, solo el 0,024% de los casos confirmados en Brasil se han secuenciado, mientras que en el Reino Unido esta tasa alcanza el 5% y en Sudáfrica el 0,256%. “Brasil hace pocas pruebas, y todavía menos secuenciaciones. Todo esto es un reflejo de una falta de inversión histórica”, explica Navarro. Los recursos que se destinaron a la ciencia el año pasado, cuando la estalló la pandemia, son un 65% inferiores a los de 2015, cuando comenzaron los recortes en el área. El panorama para este año también es dramático. “En Brasil, tenemos recursos para hacer un número limitado de muestras”, coincide la investigadora Ana Teresa Vasconcelos, del Laboratorio Nacional de Computación Científica.

El grupo Fiocruz en el Estado de Amazonas ha secuenciado 190 genomas hasta la fecha. “Podríamos hacer más, pero tenemos el trabajo de diagnóstico y los recursos están todavía lejos de ser los necesarios”, explica Naveca. Los problemas para ampliar el trabajo van más allá de la falta de equipos. “El cuello de botella es la inversión en reactivos y en personal. Yo diría que, en la secuenciación, estamos en un nivel de medio a bajo”, señala el investigador. La devaluación del real frente al dólar en los últimos meses también ha dificultado la labor del grupo de investigación, ya que todo el material que necesitan es importado. “Con los recursos que tenemos, podemos comprar la mitad de lo que comprábamos antes. En el Amazonas, sufrimos mucho por eso”, dice. Naveca cuenta que, el año pasado, el grupo no tenía prácticamente materiales y tuvieron que pedirle a la Fuerza Aérea que los trajera. “Necesitamos importar materiales y muchos no están disponibles para su entrega inmediata. Importarlos puede llevar de 30 a 60 días”, añade Vasconcelos.

En los últimos meses, se han retrasado los trabajos de vigilancia genómica en Brasil, según Fernando Spilki, investigador y profesor de Virología en la Universidad Feevale y coordinador de la Red Corona-ómica, creada por el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovaciones durante la pandemia para dirigir los esfuerzos de secuenciación. “Hubo un movimiento al principio que generó más secuenciaciones, con el esfuerzo de redes internacionales. Después ya no se produjeron tantas y ahora estamos empezando a recuperar el tiempo perdido”, dice. Spilki afirma que trabaja para ampliar la red y el número de personas involucradas en este trabajo para proporcionar respuestas más rápidas. “No tenemos la capacidad de hacer secuenciaciones al ritmo del Reino Unido, que ha llegado a alcanzar las 7.000 secuenciaciones en un día. Pero trabajamos para ampliar nuestra capacidad. En este momento, estamos preocupados, secuenciando tantos genomas como podemos y viendo cuáles pueden preocuparnos”, añade.

Esta vigilancia es lo que permitió, por ejemplo, identificar una nueva cepa en Río de Janeiro en julio, que ha predominado en los nuevos casos de covid-19 del Estado de Río Grande del Sur. Esta vigilancia permite trazar la ruta del virus, pero también es importante saber si es necesario mejorar las herramientas de diagnóstico existentes para detectar nuevos casos. “Si se produce una mutación en una región del virus que el test reconoce, puede dar un falso negativo. Con esta información, es posible ajustarlo y hacer que el test vuelva a funcionar”, explica Naveca.

Con relación a la vacunación, la vigilancia genómica también es crucial, porque pueden desarrollarse mutaciones que escapen de la protección que ofrece el inmunizador, que entonces tendría que mejorarse. “Hasta ahora, ninguna de las variantes disminuye la eficacia de las vacunas”, advierte Ana Teresa Vasconcelos. La experta explica que se han observado mutaciones en la proteína Spike, donde actúan varias vacunas, pero que conseguir interferir en esta protección es más complejo: “Y aunque se identifique alguna [mutación] muy dañina, estas vacunas se fabrican de forma que se pueden adaptar”, reflexiona.

El inicio de la vacunación de la población puede reducir el volumen de mutaciones. “Cuanto menos circule el virus, menos personas lo transmitirán. Para sobrevivir, tiene que seguir contagiando”, explica Vasconcelos. En este sentido, una política de contención de contagios sería importante. “Las medidas en Brasil son muy leves y estamos dejando mucho margen para que el virus evolucione. Necesitamos, urgentemente, además de medidas más restrictivas, que se vacune. Necesitamos contener esto para que el virus no siga diversificándose y tengamos un problema en el futuro con las vacunas”, concluye Spilki.